Bantam was de eerste vestiging van de compagnie in Azië. Toen de verhouding met het plaatselijke bestuur verslechterde, week de compagnie uit naar het naburige Jacatra, dat een vazalstaat was van Bantam. De oorlog om deze plaats werd door de VOC gewonnen. In 1619 liet gouverneur-generaal Jan Pieterszoon Coen op het puin van Jacatra een nieuwe stad, Batavia bouwen. Deze kustplaats werd de zetel van de Raad van Indië, het centrale bestuur van de compagnie in Azië. Het eerste gebouw dat vanaf zee te zien was, was het kasteel van Batavia. In deze vesting aan het strand woonden de gouverneur-generaal en zijn raadsleden, maar er waren ook werklui en het garnizoen van 1200 manschappen gehuisvest. Dit was het kloppend hart van het VOC-bedrijf in Azië: hier deed men de boekhouding van alle vestigingen en vergaderde de Raad van Indië. Bovendien vonden de officiële ontvangsten in het kasteel plaats. Batavia had een Europees karakter, met haar bruggetjes over grachten en pakhuizen langs het water. Ook waren er tal van Europese instellingen zoals weeshuizen, kerken en hospitalen. Rond 1700 was de stad enorm gegroeid: er woonde 70.000 mensen waarvan er slechts 6000 van niet-Aziatische afkomst waren. Batavia had in het begin van de 17de eeuw de functie van Bantam als handelscentrum overgeno-men. Het werd de grootste haven van Java, een stapelplaats voor waren uit heel Azië. Hier vond de distributie plaats van het geld en de goederen die Europa leverde. Goederen afkomstig uit de verschillende vestigingen werden naar Batavia getransporteerd en van daaruit naar de Republiek verscheept. Daarnaast speelde Batavia een belangrijke rol in de inter-Aziatische handel. In het kasteel in Batavia vergaderde men over de handels
en bestuurszaken van de VOC. Hier werd bepaald wat de factorijen en kantoren in Azië nodig hadden uit het vaderland. Tevens werden er de jaarverslagen, de Generale Missiven, geschreven. In Batavia werd ook het handelsbeleid voor de VOC-ambtenaren in de vestigingen bepaald. Het bestuur van dit enorme handelsnetwerk was alleen aan de Heeren XVII verantwoording schuldig. Het hoogste gezag van de VOC in Azië lag bij de Raad van Indië met als voorzitter de gouverneur-generaal, gevestigd in Batavia. De Raad vormde de schakel tussen de afzonderlijke vestigingen en het vaderland.
