Het dorp Meester Cornelis lag ongeveer 15 km ten zuiden van Batavia en ontleende zijn naam aan Cornelis Senen die daar in 1656 begon met het kappen van hout. Ter bescherming van de inwoners werd er tijdens de oorlog met Bantam (Banten) in 1656 een pagger (houten fort) gebouwd op de hoge oever van de Ciliwong. De versterking bewaakte de weg naar Buitenzorg (Bogor).
In 1734 werd het fort in steen uitgevoerd en kreeg het de vorm van een sterfort.
De Hoge Regering stuurde na het uitbreken van de opstand van de Chinezen in september 1740 versterkingen naar Mr. Cornelis. In oktober kon een aanval van de Chinezen op het fort worden afgeslagen.
Onder gouverneur-generaal Gustaaf Willem baron van Imhoff (1743-1750) kwam er in 1746 bij het fort een kampement om de militairen in de frisse lucht en vrij van malaria te trainen. De uitspanning in het fort was een geliefde dagtocht voor inwoners van Batavia.
Gouverneur generaal Herman Willem Daendels (1808-1811) begon in 1810 met de aanleg van een groot retranchement (versterkt legerkamp) in Mr. Cornelis. Het bestaande fort werd opgenomen in de omwalling. Gouverneur generaal Jan Willem Janssens (1811) ging verder met de versterking, maar kon niet voorkomen dat het kamp op 26 augustus 1811 door de Engelsen werd ingenomen.
Na de terugkeer van het Nederlandse bestuur werd het oude fort ingericht als militaire gevangenis. Daarna deed het gebouw dienst als vrouwengevangenis. Het is onbekend in welk jaar het werd afgebroken. De gevangenis werd omstreeks 1990 gesloten. Op de moderne plattegrond ligt de locatie van het fort direct ten noordoosten van de brug over de Ciliwung in Jakarta Jatinegara, kel. Kampung Melaya 13320.
