Halverwege de 18de eeuw werd de aanslibbing van de kust voor Batavia een steeds groter probleem. Kasteel Batavia lag een eeuw nadat het was gebouwd zover van de kust dat het niet langer geschikt was als bescherming van de havenmond. Gouverneur generaal Gustaaf Willem baron Van Imhoff (1743-1750) bepleitte in 1741 de aanleg van het waterkasteel aan het einde van het voorland. In 1745 werd begonnen met de aanleg ervan op een zandplaat voor de kust. Als fundering werden een paar scheepsrompen in de modder afgezonken. Omdat deze fundering niet stevig genoeg was, werd in 1750 besloten tot een herbouw op kleinere schaal. De problemen met verzakkingen bleven echter voortduren. In 1776 werd besloten om het Waterkasteel af te breken, maar uiteindelijk werd besloten tot de bouw van een nieuwe batterij aan de westkant van de havenmond. In 1778 maakte vaandrig-ingenieur L. Lusom een niet uitgevoerd ontwerp voor de verbetering van de landcourtine van het waterfort.
In 1819 werd besloten om het Waterkasteel af te breken, maar dat is uiteindelijk niet gebeurd.
Het Waterkasteel werd omstreeks 1840 gezien als een voorwerk van de stad. De bewapening werd in oorlogstijd vanuit het arsenaal in de stad aangevoerd en 30 man infanterie en vier artilleristen in het fort gelegerd. In 1852 ingedeeld bij de fortificaties van de derde rang.
De batterij het Waterkasteel werd na de aanleg van de nieuwe stranddefensie in 1870 als verouderd van de sterkte afgevoerd en een jaar later afgebroken. Het grootste deel van de site is enkele jaren later vergraven in verband met de verbetering van het Havenkanaal (Pelabuhan Sunda Kelapa).
