Fort Amsterdam was het hoofdkwartier van de WIC in Nieuw-Nederland. Gelegen op het zuidelijkste puntje van Manhattan, bewaakte het de toegang tot de Hudsonrivier en was het een krachtig symbool van de macht van de WIC. Orders tot de bouw werden in april 1625 gegeven aan ingenieur en landmeter Crijn Fredericxsz, en anderen. In 1626 stond er klaarblijkelijk een verdedigingswerk. De Bewindhebbers hadden oorspronkelijk instructies gegeven voor de bouw van een grote vijfpuntige versterkte vestiging (een vijhoek met een diameter van bijna 300 meter), omringd door een singelgracht van bijna 8 meter breed. Binnen dit fort zouden alle publieke gebouwen en huizen en zelfs een groot marktplein moeten komen. De instructies werden echter niet uitgevoerd, omdat de stenen bodem het graven van een gracht niet toestond, en de onregelmatigheid van het terrein de bouw van zo'n groot fort verhinderde. Het is waarschijnlijk dat al spoedig na 1626 directeur Minuit en zijn raad besloten tot de bouw van een veel kleiner vierpuntig fort, waaraan in 1628 werd begonnen en dat af was in 1635. Zwarte slaven in het bezit van de WIC verrichten de meeste arbeid. Hoewel het plan in 1628 was om het hele fort in steen uit te voeren, wijst latere documentatie erop dat slechts één van de vier bastions inderdaad van steen werd gebouwd. De rest van het fort bestond uit houten palissades en aarden bolwerken. Hierdoor vereiste het fort voortdurend reparaties, en verkeerde het al in de vroege jaren '30 van de 17de eeuw in slechte staat. De oorlog met de oorspronkelijke bevolking in de jaren '40 maakte de WIC duidelijk dat de verdediging verbeterd moest worden, maar de hoge kosten werden door de Bewindhebbers als obstakel gezien. Uiteindelijk werd veel van het geld en de arbeid om het fort te onderhouden opgebracht door de regering in Nieuw Nederland. Dit viel niet mee: de WIC-soldaten stelden dat zwaar constructiewerk geen onderdeel van hun taken uitmaakte en weigerden aan het fort te werken, tenzij ze hiervoor extra werden vergoed. Waarschijnlijk werd het grootste deel van het werk verricht door slaven en dwangarbeiders. Ook probeerde de regering van de kolonie de fondsen lokaal op te brengen: binnen een paar maanden na zijn aankomst in 1647, riep directeur-generaal Petrus Stuyvesant nieuwe belastingen in het leven op wijn, brandewijn en andere sterke drank. De opbrengst was bedoeld om verschillende publieke gebouwen, waaronder het fort, te bekostigen. In 1647 maakte Stuyvesant plannen voor de verbetering van het fort, maar er kwam weinig van terecht. De kolonisten lieten hun vee op het fort grazen, en boetes om dit tegen te gaan hadden weinig effect. Toen de Eerste Engelse Oorlog uitbrak, droegen de bewindhebbers op dat Fort Amsterdam, Fort Oranje en Fort Casimir snel in goede staat van verdediging gebracht zouden worden om zich tegen aanvallen vanuit de aangrenzende Engelse koloniën te kunnen verdedigen. Directeur-Generaal en raad planden hierop verschillende maatregelen, waaronder de reparatie, versterking en uitbreiding van het fort, het uitgraven van de gracht en het plaatsen van schanskorven. Of deze plannen ook allemaal zijn uitgevoerd is onduidelijk; spoedig na de beslissing arriveerde het nieuws van de vrede. Tegen 1656 werden nieuwe reparaties aan het fort noodzakelijk geacht. Op het herhaalde verzoek van Stuyvesant en zijn raad huurden de Bewindhebbers drie steenhouwers om het fort in steen uit te voeren. Kort na hun aankomst in Nieuw Nederland beklaagden ze zich over hun loon van veertien gulden, dat gezien de hoge prijzen in Nieuw Nederland te laag was om goed in hun levensonderhoud te kunnen voorzien. Nadat hun lonen waren verhoogd vorderde het werk gestaag. Naar zich laat aanzien was het werk voltooid in 1661. Ondanks Stuyvesant's inspanningen was Fort Amsterdam in slechte staat toen de Engelsen in 1664 aankwamen. Deze namen Nieuw Nederland over en herdoopten het fort naar Fort James, naar de Duke of York. Het is in 1790 afgebroken, en het puin gebruikt in de landfills waarmee Manhattan werd uitgebreid. Tegenwoordig staat op de plaats van het fort het Alexander Hamilton U.S. Custom House.