In 1588 vestigden de Portugezen zich in Laboeha [Labuha] op het eiland Batjan [Bacan], waar zij een fort bouwden. Later vestigden zich ook Spanjaarden op het eiland. Bij het fort woonden ongeveer 80 lokale christenen.
In november 1609 arriveerden VOC-schepen onder bevel van vice-admiraal Simon Jansz Hoen, Louis Schot en Jan Dircksz samen met de sultan van Ternate en zijn volgelingen voor Laboeha. Het fort werd bestormd en iedereen daarbinnen, mannen, vrouwen en kinderen, vermoord.
Hoen versterkte het fort met vier met aarde gevulde stenen bastions. Op het binnenterrein werd een vierkant gebouw met muren van een voet dik neergezet. Het gebouw diende als opslagplaats van voorraden en koopwaar en als kruitkamer; de verdieping als corps de garde (wacht) van soldaten. De put in het fort leverde te weinig water, zodat iedere dag drinkwater uit de rivier moest worden gehaald. Buiten het fort stond een kleine loge voor koopwaar.
Bij het vertrek van de schepen in december 1616 bleef opperkoopman Adriaan Dussen met 50 Europeanen achter in fort, dat Barneveld werd genoemd. De bezetting bestond meestal uit een vijftigtal Europeanen, waaronder een koopman, officier, en schoolmeester, enkele slaven en 25 Chinezen. In 1627 werd een samenzwering van dorpelingen ontdekt, die het fort hadden willen overvallen, de bezetting vermoorden en het fort aan de Spanjaarden overgeven. De godsdienstoefeningen van het garnizoen die in de kerk in het dorp werden gehouden, vonden voor de veiligheid daarna binnen het fort plaats.
De VOC droeg fort Barneveld in 1696 over aan sultan Allawaddien van Ternate. Van de Europese bezetting bleef alleen een sergeant met zes soldaten achter. De sultan vroeg de compagnie verschillende malen om een garnizoen in het fort te legeren of hem buskruit en wapens te leveren. Het duurde tot 1733 voor de Compagnie opnieuw een klein garnizoen in het fort legerde om illegale handel tegen te gaan.
Omstreeks 1860 lag er een kleine bezetting. In 1888 richtte een brand grote schade aan. Het fort moet daarna zijn gerepareerd . Victor Ido Van de Wal, die Batjan in de jaren twintig van de vorige eeuw bezocht, schreef dat het fort in een goede staat verkeerde. Tegenwoordig is fort Barneveld een ruïne.
