Fort Lonthoir werd in 1624 op het eiland Lonthoir (Banda Besar) gebouwd door soldaten, matrozen en Javaanse gevangenen, die door gouverneur generaal Jan Pietersz. Coen (1619-1623) uit Jakarta naar Banda waren overgebracht. Het fort verving een tijdelijke versterking aan zee, die door Coen was aangelegd tijdens zijn campagne op de Banda eilanden in 1621
De bouw van het fort vond plaats tijdens het bestuur van Willen Jansz, die gouverneur van Banda was van 1623 tot 1627). Zijn opvolger Pieter Vlack ( 1627-1628) veranderde de naam in 1628 in Fort Hollandia.
De plattegrond van het fort is vierkant met vier hoekbastions en een eenvoudige toegangspoort aan de landkant. De muren van gemetselde koraal steen zijn zeven meter hoog en één meter dik.
Het fort en de kampong liggen op een 20 meter hoge heuvel dicht bij de kust en zijn te bereiken over een trap met 313 treden. De zeekant van de heuvel was steil en ontoegankelijk. Onder gouverneur Joannes van Dam (1661-1665) werd een gracht van 24 voet breed en 10 voet diep om het fort aangelegd.
Het fort kijkt uit over de zeestraat tussen de eilanden Lonthor en Gunung Api, die het Gat van Lonthor of ook wel het Gat van Banda werd genoemd. De kanonnen konden de schepen beschieten maar de afstand was te groot voor musketvuur. Aan de oever beneden het fort was een ravelijn gebouwd, maar dat werd in 1711 door een aardbeving en een tsunami vernield.
Het fort controleerde niet alleen het scheepvaartverkeer maar bood ook bescherming tegen opstandige slaven. De Banda-eilanden waren verdeeld in perken (nootmuskaatplantages) die door de VOC aan Europese “perkeniers”” waren verhuurd. Het werk op de plantages werd verricht door slaven. De kans op een slavenopstand was dan ook verre van denkbeeldig. In 1710 speelde het fort een rol bij het onderdrukken van een opstand.
Het fort werd in 1743 zwaar beschadigd door een aardbeving.
Gouverneur François van Boekholtz (1794-1796) nam in 1796 maatregelen om de Banda-eilanden te beschermen tegen een Britse aanval. Hij trok zich terug op fort Belgica op Neira, maar herstelde kleinere versterkingen als fort Hollandia. Na de Engelse bezetting van het Banda in 1811 had fort Hollandia geen nut meer en werd verwaarloosd. In 1811 wordt het fort al beschreven als een ruïne. Tegenwoordig zijn de landbastions niet meer aanwezig.
