Na de aanleg van fort Nassau op Banda Neira in 1609 bleek dat het fort kwetsbaar was voor aanvallen vanaf de heuvel ten noorden van het fort. In 1611 gaf Pieter Both dan ook de opdracht om op deze heuvel een klein fort te bouwen met de naam Belgica. Een aantal jaar later werd hoger op de heuvel nog een redoute gebouwd die de naam Neira kreeg. In 1657 werd Georg Everhard Rumphius, meer bekend door zijn botanische werkzaamheden, naar Banda gestuurd om een nieuw vestingwerk te ontwerpen. Vanwege de hoge kosten van zijn ontwerp kwam het echter niet tot uitvoering. In 1660-1662 werden deze twee verdedigingswerken op initiatief van gouverneur Van Dam vervangen door een grotere redoute met de naam Belgica II. Deze redoute was gebouwd van hergebruikt materiaal van de eerdere twee verdedigingswerken en voldeed al snel niet goed meer.
Redoute Belgica II werd vanaf 1667 op opdracht van Cornelis Speelman vervangen door een groter en sterker fort, het derde vestingwerk met de naam Belgica op deze plaats. Het nivelleren van de heuveltop duurde tot 1669, waarna in 1672-1673 het fort werd afgebouwd.
Ingenieur Adriaan de Leeuw, die eerder in opdracht van Van Goens ook ontwerpen had gemaakt voor de vestingwerken van Colombo en Galle maakte het ontwerp voor de nieuwe sterkte : een tweedelig concentrisch pentagonaal fort . De buitenste ring bestaat uit een relatief lage muur met pentagonale bastions, terwijl de binnenste ring vestingwerken hoger is opgemetseld, met hoge ronde hoektorens. De muren van de binnenste ring boden plaats aan overwelfde bomvrije ruimtes. en het nieuwe fort werd uiteindelijk door middel van een tunnel met fort Nassau verbonden.
Hoewel het fort ruim driehonderdduizend gulden had gekost en er problemen waren met lekkage in drie van de vijf ronde hoektorens voldeed het fort toch goed. Het was hecht gemetseld en heeft nooit schade ondervonden van aardbevingen of vulkaanuitbarstingen. Belgica gaf zich in 1796 over aan de Britten zonder een schot te lossen, en na teruggave in 1803 werd het fort in 1810 opnieuw veroverd. In 1904 werden de torens gedeeltelijk afgebroken omdat de assistent-resident bang was dat de hoge torens te veel de aandacht zouden trekken in het geval van een aanval. In 1935 werden de torens gerestaureerd door een lokale belangenvereniging nadat een aantal bewoners een loterij had gewonnen. In 1991 is het fort uitgebreid gerestaureerd en het is nu een toeristische bestemming.
