Makassar nam lange tijd een belangrijke positie in de intra-Aziatische handel in. In de eerste helft van de 17de eeuw vormde Makassar dan ook een geduchte concurrent van Batavia als handelscentrum. Er werd handel gevoerd in kruidnagelen, nootmuskaat en foelie, die werden ingevoerd uit de Molukken, Ambon en Banda. De VOC was vanaf 1607 gevestigd in Makassar en richtte zich in de eerste plaats op de handel in kruidnagelen.
De staat Goa-Tallo, waarvan Makassar de hoofdstad was, steunde op verschillende plaatsen in de Molukken oorlogen en opstanden tegen de pogingen van de VOC om een specerijenmonopolie te verwerven. Tevens werd de stad de belangrijkste handelsplaats in die specerijen, en kwamen zowel Europese als Aziatische handelaars ze daar kopen.
In een serie conflicten, zowel bij Makassar als in de Molukken, werd de handelaars die vanuit Makassar opereerden de toegang tot de specerijen steeds moeilijker gemaakt. In een conflict van 1667 tot 1669 wist de VOC, samen met haar lokale bondgenoot Arung Palakka, de macht van Goa-Tallo te breken, en diezelfde Arung Palakka tot machtigste vorst van Zuid-Sulawesi te maken, en eigende de Compagnie zich het fort Ujung Pandang en het daaromheen liggende gebied toe, waar Fort Rotterdam en een Nederlandse wijk verrezen. Vanuit deze situatie zou Makassar meer en meer het karakter van een kolonie krijgen
in de 18de eeuw kreeg het de status van gouvernement.
