Al vanaf 1614, dus nog voor de stichting van Batavia, was Onrust in gebruik als werf voor onderhoud van de VOC-schepen. Tijdens de belegering van de VOC-loge in Jayakarta in 1618 -1619 stelde Jan Pietersz. Coen voor het eerst voor om er een fort te bouwen, maar het plan werd niet uitgevoerd door het ontbreken van drinkwater.
Tijdens de oorlog met Bantam (1655-1656) ontwierp landmeter Johannes Listingh een eenvoudige fortificatie om de werf te beschermen tegen een overval. Hij verbond de bestaande gebouwen door een muur waardoor een vierkant fort met twee diagonaal geplaatste hoekbastions ontstond.
De werf werd in de loop der tijd uitgebreid om de toegenomen hoeveelheid werk uit te voeren. In 1671 werd daarom besloten tot de aanleg van een groter fort met vijf bastions. De eerste fase betond uit een groot stenen bastion, ook wel de Grote Batterij genoemd, die in 1672 -1674 werd gebouwd door de burger aannemers Jan Boulan en Dionys Kelck. De noordelijke courtine van het fort bestond uit de buitenmuren van de werkplaatsen.
De oplopende spanningen met Bantam waren in 1679 voor gouverneur-generaal Rijkloff van Goens (1678-1681) aanleiding om het niet gefortificeerde terrein af te sluiten met een palissade. In 1685 volgde de bouw van een kruittoren voor 200.000 pond buskruit in de Grote Batterij. Het zuidwestelijke en zuidoostelijke bastion werden voorlopig in hout uitgevoerd (1689/1691).
Na 1750 eeuw werd de palissade vervangen door stenen muren en de bastions Touwpunt en Beeckhuys, terwijl de zuidzijde werd afgesloten door een hek. De Nederlanders braken in 1795 het grootste deel van de bebouwing af. De rest werd in 1800 door de Engelsen platgebrand.
Tussen 1980 en 1995 werd archeologisch onderzoek verricht op het eiland. Het is sinds de jaren negentig een beschermd monument. Onrust is tegenwoordig een druk bezocht historisch park met gebouwen van het quarantaine station, opgegraven fundering van de fortificatie, begraafplaats en museum.
