Jaffna was een drukke handelsstad en de belangrijkste plaats van Noordelijk Ceylon. Jaffna was het laatste bolwerk van de Portugezen. Het werd in 1658 door de compagnie veroverd. De VOC had voorlopig geen Europese concurrenten meer op Ceylon. De compagnie heeft Jaffna grondig verbouwd. De Portugese vesting werd vervangen door een nieuw fort dat volgens de modernste militaire inzichten was ontworpen. Het resultaat was een bijna onneembare citadel, misschien wel het sterkste VOC-fort in Azië. De verbouwing waarmee begonnen werd in 1660 was pas 130 jaar later in 1792 voltooid. De vesting was van belang voor het controleren van de vaarroute van en naar India. In het fort van Jaffna bouwde de VOC een kerk, de Kruys Kerk genaamd. Het was met zijn plattegrond in de vorm van een Grieks kruis een typisch calvinistisch bouwwerk. Vrouwen die de kerkdienst bezochten lieten door hun slaaf een stoel brengen die dan na afloop opnieuw werd verwijderd. De kerk werd in 1706 gebouwd en bood ruimte aan 600 gelovigen. Ook in de omgeving van Jaffna werd het protestantse geloof met grote ijver gepredikt. Het verschil tussen protestantisme en katholicisme was de bevolking van Ceylon echter niet altijd duidelijk. Jaffna was een drukke handelsstad waarvan de kooplieden veel contacten onderhielden met het Indiase vasteland. De belangrijkste handelswaar van stad en streek bestond uit katoen, kleding, parels en olifanten. Indiase vorsten kochten de olifanten om ze in te zetten bij oorlogsvoering. De dieren werden in een fuik gejaagd, waar ze vervolgens één voor één uitgehaald werden om vastgebonden en zelfs gedoopt te worden. Na ongeveer acht dagen vastgebonden te zijn geweest, was een olifant min of meer tam en kon de training beginnen. In het noorden van Ceylon had de compagnie een zekere mate van territoriaal gezag. Deze situatie was uniek voor de primair op handel gerichte organisatie die in de rest van Azië, met uitzondering van Formosa, sterk afhankelijk bleef van de plaatselijke heersers. Op Ceylon betekende dit onder meer dat de VOC belasting inde onder de plaatselijke bevolking. Omdat de compagnie veel meer belasting hief dan gebruikelijk was, brak er in 1676 een opstand uit van de plaatselijke bevolking tegen de VOC. De compagnie sloeg de opstand neer en zette de belastingheffing door. Jaffna was de hoofdplaats van een van de commandementen waarin Ceylon was opgedeeld. Het stond onder gezag van de gouverneur in Colombo.