Op 8 oktober 1608 vertrok een kleine vloot onder bevel van viceadmiraal Simon Jansz Hoen van Makian naar Ternate. De Nederlanders landden bij Takome en begonnen met de bouw van een fort op de ruïnes van een ouder, vermoedelijk Portugees, fort op een 20 meter hoge heuvel. Op 16 oktober slaagden de verdedigers erin om een aanval van 80 Spanjaarden en 300 tot 400 mardijkers af te slaan. Het nieuwe fort, dat Willemstad werd genoemd, had vijf bastions. Het garnizoen telde 100 man onder bevel van een kapitein en een luitenant.
De lokale bevolking, die voor de oorlog was gevlucht, keerde na verloop van tijd terug naar Takome. Het stadje was volgens tijdgenoten een mooie plaats met nette straten. Het werd omringd door een stenen muur met een bastion aan de landzijde. Er woonden ongeveer 1000 mensen.
Takome was een belangrijke stapelplaats van kruidnagels. Door de vermindering van kruidnageloogst nam allengs ook het belang van het fort af. In 1633 lagen er nog maar 18 soldaten. Johan Ottens (gouverneur van de Molukken 1633-1635) stelde zelf voor om het garnizoen te verkleinen. In 1651 werden alle soldaten op bevel van gouverneur Caspar van Boogaarde (1633-1635) teruggetrokken. Het fort raakte in verval. In 1690 werd officieel opdracht gegeven om fort Willemstad af te breken. Bij de veldverkenning door PDA in 2007 werden nog enkele overgroeide ruïnes teruggevonden.